Les instances de décision et de consultation de l'ANFH sont administrées de façon paritaire par les représentants des établissements : Fédération Hospitalière de France (FHF) et les organisations syndicales
Pour la région Ile-De-France : CFDT - CGT - FO - SUD SANTE SOCIAUX
Tous les administrateurs sont des professionnels de la Fonction Publique Hospitalière
Le (CRSG) Conseil Régional Stratégique et de Gestion Il met en application la politique nationale définie par l’Assemblée générale de l’association, ainsi qu'il répartit les ressources attribuées par les instances nationalesque. Dans le cadre des règles fixées par le Conseil d’Administration de l’association, le Conseil Régional Stratégique et de Gestion est chargé de la mise en œuvre régionale du projet stratégique de l’association.
Le (BR) Bureau Régional est élu chaque année au sein du CRSG. Il est composé du Président, du Vice-Président et de quatre administrateurs. Le Bureau est chargé d’exécuter les décisions du Conseil Régional Stratégique et de Gestion, auquel il rend compte périodiquement. Il prépare par ailleurs les réunions de ce dernier.
Le (CT) Comité Territorial est une force de réflexion et de proposition s’agissant de la politique d’animation régionale. Il gère également les fonds destinés au financement du CFP et des congés pour BC et VAE