Les instances de décision et de consultation de l'ANFH sont administrées de façon paritaire par les représentants des établissements (FHF) et les organisations syndicales (FO - CFDT - CGT - CFE-CGC - CFTC - SUD SANTE SOCIAUX - UNSA). 
Tous les adminstrateurs sont des professionnels de la fonction publique hospitalière. 

INSTANCES NATIONALES

L’Assemblée générale (AG) se compose des membres titulaires du Conseil d’Administration (CA) et de six membres désignés paritairement par chaque Conseil Régional Stratégique et de Gestion. Réunie au moins une fois par an, elle délibère sur les orientations de la politique de l’association, adopte le projet stratégique et approuve le rapport annuel d’activité, le rapport financier et les différents comptes et documents relatifs à l’exercice clos.

Le Conseil d’administration (CA) se compose de quarante membres. Il met en application les décisions de l’Assemblée Générale, délibère sur le projet stratégique, arrête le budget prévisionnel et fixe l’organisation et le cadre des activités de l’association, ainsi que les conditions de mise en œuvre de ses décisions par les Délégations Régionales et Délégations Territoriales. Il se réunit trois fois par an.

Le Bureau national (BN) est élu chaque année par le Conseil d'Administration. Il est constitué paritairement de trois représentants de la Fédération Hospitalière de France et de trois représentants des organisations syndicales dont le Président et le Vice-Président. Il est chargé de l’exécution des décisions du Conseil d'Administration et de toute question qui ne relève pas de la compétence du Conseil d’Administration, de l’Assemblée Générale ou du Directeur Général. Il prépare les réunions du Conseil d’Administration. Il peut recevoir délégation de compétences du Conseil d’Administration. Il se réunit entre les sessions du Conseil d’Administration.

La Commission de l'audit et des affaires financières (CAAF) et la Commission d’études et développement de la formation permanente (CEDFP) émettent un avis avant décision du Conseil d'Administration.

La CAAF est chargée d’instruire les affaires budgétaires et financières

La CEDFP est chargée d’instruire les affaires relatives au développement de la formation permanente, y compris celles relevant du Congé de Formation Professionnel (CFP) et au Développement Professionnel Continu (DPC) des professionnels de santé paramédicaux et sages-femmes.

Le Président de l’ANFH préside l’AG, le CA et le BN. Il représente l’association dans tous les actes de la vie civile.

Il est l’ordonnateur des dépenses. Il prépare les affaires à soumettre au BN avec le Vice-Président et le Directeur Général.

Le Vice-Président assiste le Président dans l’ensemble de ses tâches. Il peut recevoir toute délégation de ce dernier.

Le Conseil du développement professionnel continu médical hospitalier (CDPCMH) est composé de cinq représentants des organisations syndicales représentatives du personnel médical, odontologique et pharmaceutique et de cinq représentants de la Fédération Hospitalière de France, dont au moins trois Présidents de CME de CHU, de CH et de CHS.

Il veille à la collecte des fonds du DPC médical, odontologique et pharmaceutique. Il définit les règles de mutualisation des fonds collectés et les règles de prise en charge. Il ratifie les décisions de prise en charge des dossiers délivrées. Il approuve chaque année un rapport d’activité qui est annexé au rapport d’activité de l’ANFH.

INSTANCES RÉGIONALES

Le Conseil régional stratégique et de gestion (CRSG) est composé pour moitié de membres désignés par la Fédération Hospitalière de France et pour moitié de membres représentant les organisations syndicales, désignés par celles-ci. Le nombre de ses membres est déterminé au règlement intérieur en tenant compte du nombre d’agents de la fonction publique hospitalière des établissements adhérents de chaque région.

Il met en application la politique nationale définie par l’AG ainsi que les directives des instances nationales. Il est chargé de la mise en œuvre régionale du projet stratégique. En particulier, il décide des plans d’actions régionaux, détermine les règles générales de prise en charge des actions relevant des crédits mutualisés et délègue aux comités territoriaux les enveloppes liées aux dossiers individuels. Il se réunit au moins deux fois par an.

Le Comité territorial (CT) est composé pour moitié de membres désignés par la Fédération Hospitalière de France et pour moitié de membres représentant les organisations syndicales, désignés par celles-ci. Le nombre de ses membres est déterminé au règlement intérieur en tenant compte du nombre d’agents de la fonction publique hospitalière des établissements adhérents de chaque territoire. Il a pour mission, concernant les dossiers individuels (EP, CFP, CPF) de procéder à l’examen des demandes et de décider des prises en charge financières. Il réalise une activité de veille et d’identification des besoins et demandes au niveau de son territoire et transmet les éléments au CRSG afin d’alimenter l’élaboration des plans d’actions régionaux. Il se réunit au moins quatre fois par an et au maximum six fois.