Les instances de décision et de consultation de l'ANFH sont composées de façon paritaire par les représentants des établissements (FHF) et les organisations syndicales (CFDT - CFE-CGC - CFTC - CGT - FO - Sud Santé Sociaux - UNSA). 

Ces administrateurs sont présents et actifs sur tout le territoire métropolitain et en outre-mer. 

Les instances nationales :

L’Assemblée générale (AG) :
L’Assemblée générale se compose des membres du Conseil d’administration (CA) et de six membres désignés paritairement par chacun des Conseils régionaux stratégiques et de gestion (CRSG). Réunie au moins une fois par an, elle fixe la politique et les orientations de l’ANFH, arrête le projet stratégique et approuve le rapport annuel et les comptes annuels.
 

Le Conseil d’administration (CA) : 
Le Conseil d’administration se compose de quarante membres. Il met en application les décisions de l’Assemblée générale, vote le budget et fixe le cadre de l’organisation et des activités de l’association.
 

Le Bureau national (BN) : 
Le Bureau national est élu chaque année au sein du Conseil d’administration. Il est composé du Président, du vice-président et de quatre administrateurs. Il pilote et suit la mise en oeuvre des décisions du Conseil d’administration et la gestion de l’ANFH.
 

La Commission d'Audit et des Affaires Financières (CAAF) et la Commission d’Études et Développement de la Formation Permanente (CEDFP) : 
La Commission d’audit et des affaires financières (CAAF) et la Commission d’études et développement de la formation permanente (CEDFP) sont des commissions du Conseil d’administration (CA) et formulent un avis sur les décisions du CA relevant de leur champ de compétences.
 

Le Conseil du Développement Professionnel Continu Médical Hospitalier (CDPCMH) : 
Le Conseil du DPC médical hospitalier est une instance créée en juin 2012, afin d’assurer la gouvernance des fonds de la nouvelle obligation de DPC pour le personnel médical, odontologique et pharmaceutique des établissements publics de santé.
 

Le président de l’ANFH préside l’AG, le CA et le BN. Il représente l’association dans tous les actes de la vie civile.