L'ANFH est administrée localement par les instances paritaires :

Le CRSG (Conseil Régional Stratégique et de Gestion) :

• détermine la politique régionale
• répartit les ressources entre les territoires
• a compétence en termes d'offre régionale
• ratifie les plans

(20 titulaires / 20 suppléants en Bourgogne - Franche-Comté)

Le BR (Bureau Régional) :

• ​prépare les travaux du CRSG
• éxécute les décisions du CRSG

(6 titulaires en Bourgogne - Franche-Comté)

Le CT (Comité Territorial) :

• identifie les besoins du territoire et les transmet au CRSG pour élaborer des plans d'actions régionaux
• émet des propositions pour l'animation régionale
• décline ensuite, sur son territoire, la politique régionale définie par le CRSG
• émet en œuvre une politique incitative des dispositifs individuels
• examine et décide des financements en matière d’EP, FQ&CPF, BC, VAE et CFP

(18 titulaires / 18 suppléants en Franche-Comté)

Pour l'année 2024,

la présidente régionale est Madame Paola MANCASSOLA (CFDT)
la vice-présidente régionale est Madame Flora KOHLMULLER-DARS (FHF)

la coordonnatrice territoriale est Madame Juliette LOISEAU (FHF)
la coordonnatrice-adjointe territoriale est Madame Anne LAUBY (FO)