Les instances régionales de l'ANFH sont constituées par les représentants syndicaux des établissements de santé publics, ainsi que leurs dirigeants.

Deux instances se réunissent régulièrement afin d'assurer la mise en oeuvre de l'action de l'ANFH suivant les orientations stratégiques de son siège national et répondre aux besoins de formation des établissements, ainsi que des agents au titre des dispositifs individuels : le Conseil régional stratégique de gestion (CRSG) et le Comité territorial. (CT).