En dépit d’un ralentissement récent, la dette à moyen et long terme des EPS a triplé en dix ans, pour atteindre 29,3 Md d'euros fin 2012, soit 1,4 % du PIB. Les plans Hôpital 2007 et Hôpital 2012 se sont traduits par un emballement de la dette hospitalière, qui a progressé à un rythme pouvant atteindre près de 20 % par an et connaît un niveau critique. La Cour des Comptes souligne que les trésoreries de certains EPS connaissent toujours des tensions récurrentes et propose d’expérimenter l’émission de billets de trésorerie par les trois plus importants CHU.  Elle formule des recommandations et appelle les pouvoirs publics à définir et à mette en œuvre une démarche d’ensemble claire de désensibilisation de ces encours à risque. « La mise en place d’un fonds spécifique d’accompagnement pour le secteur hospitalier, avec des critères d’éligibilité et des conditionnalités de versement des aides rigoureux, pourrait être envisagé à cet effet ».